San Fratello nasce dalla dominazione dei Normanni nell'isola, quando le milizie di Ruggero insieme alla regina Adelasia di Monferrato (sua terza moglie) approdarono nei monti Nebrodi, intorno al XII secolo.
Questa colonia si giustappose alla preesistente comunità greca, che in precedenza aveva abitato il sito di Apollonia. le due etnie, pur convivendo pacificamente, mantennero a lungo la loro distinzione culturale, raccogliendosi l'una intorno alla chiesa di S. Nicola di rito greco, l'altra intorno alla chiesa di S. Maria Assunta di rito latino. in epoca normanna e sveva S. Fratello fu un borgo demaniale. A San Fratello, dopo secoli, si parla ancora un dialetto tutto particolare, derivante da un mix tra idioma locale, quello monferrino e il dialetto della Normandia.
Le truppe normanne si scontrarono con l'esercito arabo nella zona di San Piero Patti. Gli Arabi ebbero la peggio e batterono in ritirata. Sul terreno di battaglia furono abbandonati diversi cavalli, destinati a divenire gli antenati della celebre razza sanfratellana.
Una testimonianza della presenza normanna in questi luoghi è costituita da un tempietto collocato sul Monte Vecchio, dedicato ai famosi 3 martiri Alfio, Filadelfio e Cirino. E proprio da questi "santi fratelli" deriva l'attuale nome del paese. Recentemente, alcuni scavi archeologici hanno riportato alla luce sul monte reperti databili ad epoca pre-romana.
Nel centro abitato si trova, come testimonianza architettonica normanna, il cinquecentesco convento e l'annesso chiostro, i cui muri sono decorati da affreschi. Attività principali sono l'allevamento e la pastorizia.
In epoca Sveva, fu Signora di San Fratello la regina Costanza d'Aragona, prima moglie dell'imperatore Federico II. Detta Regina era anche Signora di Montalbano Elicona.

Nel 1292, San Fratello fu ceduto ai Polizzi, potente famiglia messinese; poi passò agli Squarciarico, e successivamente ad altri Signori, fra cui il Conte di Palagonia e le famiglie feudali Alagona, Rosso e Larcan.

Gli ultimi Signori di San Fratello furono i Cupani, attuali proprietari del Castello di Acquedolci.

San Fratello come Barcellona Pozzo di Gotto, fu sede di due Arcipreture. Ciò attesta l'importanza religiosa che questo centro ebbe nel passato e che mantiene tuttora.

Ma San Fratello in passato ebbe importanza sopratutto perchè fu la sede del Capo Prefettura, con giurisdizione su 24 Comuni. Questo ambitissimi privilegio lo ebbe nel 1747.
L'impronta lombarda di S. Fratello la si coglie ancora oggi, in maniera più evidente che altrove, nell'aspetto fisico e nel dialetto gallo-italico dei suoi abitanti, esempio tra i più rari della capacità di un isola linguistica di conservarsi lungamente. Ma non è questa l'unica singolarità "etnografica" di questo paese. Ancora più incredibile è la spettacolare "Festa dei Giudei", che si celebra il Venerdì Santo, ripetendo, in un difficile compromesso con la sensibilità cristiana, le feste dionisiache pagane di primavera, esaltanti l'eros, lo spirito orgiastico, l'energia vitale che la natura sprigiona al tempo della sua rinascita annuale. "I Giudei", fingendosi gli avversari dei fedeli in processione e gli uccisori di Cristo, disturbano ad arte le funzioni religiose, arrampicandosi sui balconi, esibendosi in assordanti squilli di trombe ed in saggi di equilibrismo tra la folla.
L'attività principale degli abitanti e l'allevamento. Una menzione particolare merita, per il suo valore intrinseco e per il ruolo che svolge nella vita della comunità, il cavallo sanfratellano, docile e forte, adatto all'equiturismo, che la tradizione locale vuole, come sopra già sottolineato, discenda dai cavalli di battaglia e da soma dei contingenti lombardi che ripopolarono S. Fratello nel secolo XII.
San Fratello conserva tra le varie testimonianze architettoniche una bellissima chiesa normanna dedicata ai Tre Santi Fratelli (Alfio-Filadelfio-Cirino) ubicata sulla sommità del Monte San Fratello, ove si trova traccia anche dei resti archeologici dell'antica Apollonia, un insedia-mento siculo occupato successivamente dai greci. Nel centro abitato sono visitabili la Chiesa di Santa Maria Assunta e le rovine della trecentesca antica Matrice (Chiesa Madre). Pregevole e suggestivo il Ponte Arabo sul Torrente San Fratello e tutto l'ambiente naturale circostante.
Poco distante dall'abitato della cittadina (circa 1 km.), il Monte San Fratello (710 m.slm.), si presenta come un monumentale affioramento roccioso isolato, ed è sito di nidificazione di numerosi rapaci. La vegetazione del monte è quella tipica delle zone rocciose di natura calcarea, con grande presenza di "euforbia", "oleastro" e "lentisco".
Dalla Sommità del monte San Fratello si può godere di una visione incantevole su un ampio tratto della costa tirrenica e lo sguardo può spaziare dalla rocca di Cefalù ad ovest, al promontorio di Capo d'Orlando a est; a nord il mare Tirreno e l'Arcipelago delle Isole Eolie, a sud il profilo di Monte Soro ed estese faggete e boschi e tutto il versante settentrionale dei Nebrodi.
Ogni periodo dell'anno è quello giusto per visitare San Fratello, poiché in ogni stagione questo territorio ha qualcosa da proporre, da mostrare o da offrire al visitatore attento ed appassionato, presentando un'offerta differenziata che spazia dalla gastronomia, all'artigianato,
al folklore, alle feste religiose o paesane, all'escursionismo ambientale sia a piedi che a cavallo, all'osservazione della natura, alle rassegne equine dedicate alla selezione del Cavallo Sanfratellano, il tutto in un sappiente dosaggio di vacanza mista tra mare - collina - montagna e verdissima macchia mediterranea ed ecosistema specifico ed unico dei Nebrodi.
Ed ancora, per gli appassionati, occorre rammentare che a Luglio, Agosto e Settembre, si tengono a San Fratello le rassegne di selezione del Cavallo di Razza Sanfratellana.
Un momento unico di festa, in cui è possibile vedere centinaia di soggetti appartenenti alla razza ed allevati in purezza e che appositamente confluiscono in paese solo per queste rare occasioni. Da non dimenticare infatti che il Cavallo Sanfratellano vive per dodici mesi all'anno allo stato brado nel territorio del parco e sui monti Nebrodi. Questa è anche l'occasione per accaparrarsi un ottimo soggetto e concludere un buon affare.